Als optionale Ergänzung zum Online-Schalter ist eine Pendenzen-
verwaltung mit SSL-Verschlüsselung verfügbar, welche die Verwaltung und Bearbeitung der Geschäfte aus dem Online-Schalter und dem Formularpool (sofern vorhanden) ermöglicht und zugleich für die EndkundInnen eine detaillierte Geschäftsübersicht im zentralen Benutzerkonto (Bürger-, Vereins-, Unternehmenskonto) erzeugt. Für jeden Online-Dienst wird eine zuständige Administratorin/ein Administrator bestimmt. Dieser Person
werden nach der Anmeldung (mit Username/Passwort oder mit SuisseID) alle eingegangenen Online-Formulare und eFormulare angezeigt, für die sie zuständig ist. Zusätzlich können Super-UserInnen bestimmt werden, denen die Geschäftsfälle aller AdministratorInnen angezeigt werden.

Die Formulare werden in der Pendenzenverwaltung nach Bearbeitungsstatus (Neu, in Arbeit, abgeschlossen) und nach Dienst/Geschäftstyp gegliedert. Direkt aus der Pendenzenverwaltung kann die Bearbeitung der Geschäfte mit Modulen wie dem Bescheinigungsmodul, dem Bewilligungs-, dem Einbürgerungs- oder dem Todesfallmodul gestartet werden. Auch Rückfragen an die EndkundInnen werden über die Pendenzenverwaltung abgewickelt. EndkundInnen können im zentralen Benutzerkonto den Status ihrer Geschäfte einsehen (Tracking) und Rückfragen beantworten.